安全性是经颅磁治疗的重要特征。在理论上，rTMS(重复经颅磁刺激)治疗时电流强度、每相的电荷量、刺激的电荷密度和对组织释放的总电荷量都低于导致神经损伤的标准，即使有影响也是很短暂的。在实施rTMS治疗时，刺激强度的设置是按照个体化原则，根据个体的阈值来确定的。治疗抑郁症时选用的刺激强度一般为80%~110% ，临床治疗用刺激频率在30赫兹以下。与高频相比，低频刺激的安全性更高，不容易诱发抽搐，也更容易让患者耐受。总体来说，经颅磁刺激是安全的，没有明显的副作用。有个别患者在治疗过程中会出现头痛现象，这种现象的程度较轻，持续时间短，一般不需要特殊处理。目前，还没有发现这种治疗在神经学、认知功能以及心血管方面的后遗症。

　　rTMS作为一种无痛、无创、安全性高的技术，在治疗抑郁症方面具有独特优势，特别是对于难治性抑郁症患者的治疗。难治性抑郁症被定义为1~4种抗抑郁剂治疗疗效不充分，或患者对大于3种的药物不能耐受。这项由美国国立精神卫生研究所资助的前瞻性、多中心、随机研究采用了真伪刺激对照、可变疗程的设计，先是每日治疗一次，连续3周，然后以盲法对那些治疗有效的患者再继续治疗3周，3000次脉冲，对190例未服用抗抑郁剂的抑郁症患者的左侧前额叶给予适当刺激强度，每秒10次脉冲，持续4秒，刺激间隔为26秒。分析结果表明，真刺激组的缓解率显著大于伪刺激组(分别为14.1%与5.1%)，而且大多数的缓解患者是在治疗的第四周或第五周后才得到缓解，所以3周或短于3周的rTMS短期治疗，对难治性疾病是不够的。根据这些资料，专家推荐rTMS最少治疗时间为4周，治疗有效的患者大多数在4~6周内开始有效。

　　另外，rTMS治疗精神分裂症的阳性症状(主要是幻听)有一定效果，但是长期的维持效果研究仍然比较少，比如维持治疗的时间、治疗的频次、治疗选择的总刺激量等，而最佳的治疗位点的选择仍需要影像学支持。rTMS在阴性症状治疗方面也取得了一些进展，多数研究人员认为10赫兹、3周以上的疗程可以取得比较好的疗效。