经颅磁刺激最常见的不适是头面部不适，如头痛、耳朵堵塞等。这种情况绝大多数是非常轻微和暂时的，通常第二天会自动消退。在治疗过程中，头部能感觉到被敲击，手指肌肉会收缩，这恰恰说明脉冲磁场刺激了大脑皮层，引起了相应的反应，属于正常现象。

　　经颅磁刺激的安全性和有效性已被大量实践所证明。世界上大多数国家已经批准TMS用于治疗精神疾病。只有极少数病例会引起癫痫，但在全世界30年的经颅磁刺激治疗中，癫痫病例不超过30例，远远低于药物引起癫痫的概率。并且没有长期不良反应的报道。