安全性和有效性是评估经颅磁刺激疗法的两个关键指标。而安全又是确保疗效的必要前提。

　　常见的安全隐患因素：

　　热效应

　　TMS线圈产生的强磁场会产生一定的热效应，但对不同的物体其制热效果不同，比如对于正常脑组织，升温幅度小于0.1℃时即使在血液循环较差以及病理性组织也不会有危险，对于一些低导电率的导体(如钛、塑料)其热作用也很小。但是对于一些高导电率金属导体的热作用则很大，可能烧伤皮肤或脑组织，而脑组织发热一旦超过43度就会造成不可逆的损伤。因此TMS的绝对禁忌症之一就是头颅不能有金、银等高导电率金属物质。

　　磁效应

　　TMS产生的强磁场对于一些铁磁性物体具有很强的吸引力，会造成强的位移。而磁场对于一些非铁磁性导体比如金银钛等，会有一定的排斥力，不过这种排斥力很微弱，造成的位移影响微乎其微，不影响TMS的使用。因此，颅内有铁磁性植入物也是TMS使用时的禁忌症。同时，在使用TMS时应该注意移除项链、耳环、眼镜、手表或头上披戴的磁性物体，避免一些安全性事件的发生。

　　强感应电压

　　TMS产生的脉冲磁场会诱发深部脑刺激系统、迷走神经刺激系统以及心脏起搏器产生强感应电压，可能造成对中枢神经的意外刺激，也可能损害这些装置的内部电路，使其发生永久性故障，进而造成一些临床问题。所以在使用TMS治疗时，应与这些装置保持10cm以上距离，保证安全。对于有心脏起搏器的患者不建议做TMS。